A fim de definir e desenvolver estratégias para a gestão e preservação dos ambientes costeiros e da biodiversidade, é essencial a utilização de ferramentas para identificar as alavancas certas de intervenção. Face às alterações climáticas, que modificam os equilíbrios e escolhas de gestão, a necessidade de instrumentos de apoio à decisão baseados no ecossistema torna-se ainda mais importante. BIOMIC visa responder a esta necessidade desenvolvendo um kit de bioindicadores microbianos e tróficos para determinar o estado ecológico das zonas costeiras no SUDOE.  Para tal, BIOMIC baseia-se em abordagens de experimentação e demonstração de estratégias para a utilização de ferramentas de diagnóstico. Os métodos tradicionais de gestão e reabilitação da zona costeira resolveram problemas a nível local, mas podem conduzir a problemas ecológicos. As ferramentas dos atuais indicadores das zonas costeiras limitam-se a uma caracterização da fauna e da flora. O BIOMIC pretende proporcionar indicadores específicos do meio aquático. O projeto vai permitir avaliar e desenvolver noutros dois países a transferibilidade de uma ferramenta de indicadores tróficos já implantada com êxito em França. A ferramenta será completada com o desenvolvimento de bioindicadores microbianos, em conformidade com a  representatividade e variedade das zonas costeiras e retro litorais do SUDOE.  O projeto baseia-se na cooperação entre a comunidade científica, as instituições públicas que influenciam as políticas de gestão de riscos, o setor privado e de transferência de tecnologia. Esta cooperação irá contribuir para a elaboração de uma estratégia conjunta à escala SUDOE, cujo fim consiste em ações para a proteção e gestão das zonas costeiras e da biodiversidade. A implicação dos parceiros do projeto vai permitir a implementação e apropriação da ferramenta nos diferentes territórios, bem como a sua transferência para os atores alvo identificados durante o projeto em colaboração com as instituições nacionais, garantindo assim a sustentabilidade da ferramenta de gestão do BIOMIC.