El objetivo principal de AQUIFER es capitalizar, testar, difundir y transferir prácticas innovadoras de preservación, monitorización y gestión integrada de acuíferos que sean de ayuda a la hora de la toma de decisiones de la gestión de los recursos hídricos subterráneos, mejorar la transferencia tecnológica a los agentes locales, crear nuevas sinergias y desarrollar herramientas comunes en un contexto de escasez de recursos hídricos y amenazas medioambientales.
El principal elemento innovador de AQUIFER es la consideración de la problemática en su globalidad: experimentación de herramientas de gestión sobre los componentes “cantidad” y “calidad” del agua: gestión de la recarga, red de seguimiento y modelización hidrológica, especialmente. Asimismo, detectar, probar e implementar innovaciones gracias a los 3 clústeres del agua vinculados a una red de actores y startups en el sector del agua y la creación de una herramienta de apoyo a la toma de decisión para difundir las buenas prácticas mediante la creación de un sitio web permanente y gratuito destinado a todos los actores del agua.