Certifica las declaraciones de gasto y presenta las solicitudes de pago a la Comisión Europea. Recibe los pagos del FEDER de la Comisión y garantiza el reembolso a los socios de los proyectos. 

La Subdirección General de Certificación y Pagos de la Dirección General de Fondos Europeos del Ministerio de Hacienda es la Autoridad Contable del programa.