El objetivo principal de AQUIFER es capitalizar, testar, difundir y transferir prácticas innovadoras de preservación, monitorización y gestión integrada de acuíferos que sean de ayuda a la hora de la toma de decisiones de la gestión de los recursos hídricos subterráneos, mejorar la transferencia tecnológica a los agentes locales, crear nuevas sinergias y desarrollar herramientas comunes en un contexto de escasez de recursos hídricos y amenazas medioambientales.