Toda entidade interessada na cooperação no âmbito do Programa Interreg Sudoe deve apresentar a sua candidatura no âmbito de uma convocatória. 

Geralmente, as convocatórias do Programa Sudoe organizam-se em duas fases competitivas. Na primeira fase, a parceria deve apresentar uma proposta de projeto. 

O Comité de Acompanhamento analisa as candidaturas com base nos critérios de admisibilidade, elegibilidade e seleção. Todas as candidaturas são pontuadas e, em função da sua classificação e do montante FEDER , parte das propostas estão autorizadas a passar à segunda fase.

Na segunda fase, deve ser apresentado um formulário de candidatura devidamente preenchido (incluindo a descrição das atividades, o plano financeiro, etc.). O Comité de Acompanhamento vola a analisar as candidaturas segundo o mesmo método utilizado na primeira fase.

Esta fase competitiva: 

A avaliação, bem como a pontuação correspondente, são novamente efetuadas na sua totalidade  Ou seja, os “contadores voltam a zero” e a candidatura volta a ser classificada em função de toda a documentação apresentada. 

Por último, são programadas as candidaturas que obtêm a melhor classificação em função do montante FEDER disponível. 

Para mais informações, consultar os pontos 8 e 15 dos textos oficiais das convocatórias.